Le PALM est structuré sur deux niveaux qui sont interdépendants et complémentaires : celui du projet d’agglomération dans son ensemble et celui des cinq secteurs intercommunaux. Le premier consolide les enjeux stratégiques et donne un cadre général au projet. Les seconds déclinent les orientations stratégiques et établissent le cadre de la mise en œuvre. Le dialogue permanent entre ces deux niveaux assure la cohérence de l’ensemble.
À ce niveau, il s'agit en premier lieu d'assurer le pilotage politique et technique du projet dans son ensemble.
Composé de 9 membres, il assure la gouvernance politique du projet d'agglomération. Le COPIL PALM maîtrise l'élaboration, la révision et la mise en oeuvre du PALM et valide entre autres les objectifs, les plans de travail et les ressources allouées aux études au niveau du PALM.
Elle assume la coordination générale et la conduite des études transversales à l'échelle du PALM comme la maîtrise du budget du projet et des délais et pilote également les actions de communication. Elle est composée de représentants de la Direction générale du territoire et du logement, qui assume la présidence, de la Direction générale de la mobilité et des routes et de la Direction générale de l'environnement.
Elle collabore à la coordination générale et à la conduite des études transversales. Il lui incombe de veiller à la cohérence technique de l'ensemble et d'assurer le lien avec les communes et les services cantonaux. La direction technique est présidée par la Direction générale du territoire et du logement.
Les schémas directeurs sont des entités de collaboration intercommunale auxquelles participent le Canton ainsi que d’autres partenaires, dotés de compétence de réflexion stratégique et de concrétisation opérationnelle. Ils couvrent une aire territoriale désignée dans l’agglomération par le terme « secteur ».